微生物は1600年代にオランダの科学者、アントーニ・ファン・レーベンフックによって最初に発見されましたが、今日のプロバイオティクスは1900年代まで発見されませんでした。

1907年、ロシアの科学者でノーベル賞受賞者のエリー・メチニコフは、ブルガリアで働いていたとき、日常的に発酵ヨーグルトを飲んでいたコーカサス山脈の村人たちが、他のブルガリア人よりもはるかに長生きしていることに気づきました。

彼は後に、これには「ラクトバチルス・ブルガリクス（※ブルガリア乳酸杆菌）」と呼ばれるヨーグルトに含まれる菌が起因していると考え、私たちには「体内の微生物叢（そう）（※微生物の集団）を変化させ」健康を高めることができるという学説を立てました。

メチニコフの先駆的な研究により、彼だけでなく他の科学者たちもプロバイオティクスをさらに研究するようになりました。その中の一人であった日本の微生物学者で医学博士の代田稔氏は、新しい菌株「ラクトバチルス ・カゼイ・シロタ（※乳酸菌シロタ株）」を発見し、強化培養しました。彼は、腸内で生成される乳酸菌が腸内の悪玉菌を破壊し、消費者の健康を改善し寿命を延ばすことができると考えていました。